El Fondo de Becas, es una proyección educativa que la Fundación ProPetén inicia en el 2007, con la finalidad de apoyar a jóvenes del área rural de Petén, en superar la barrera para el acceso a la educación secundaria, pues al alcanzar cierta edad son considerados para el trabajo familiar para apoyar a sus padres, teniendo la oportunidad de sólo culminar el nivel primario.
El fondo de becas es uno de los pilares de proyección social de Fundación ProPetén, puesto que se mantiene y se encuentra definida en las líneas estratégicas que buscan hacer cambios e impactos en las comunidades de influencia, pues muchos de estos jóvenes se convertirán en líderes de sus comunidades y que mejor lideres formados en la conservación de los recursos naturales.
Desde el 2007 hasta el 2017 se han beneficiado a 150 estudiantes, que han culminado el nivel básico, siendo 60% mujeres y un 40% hombres.